Основной причиной является непостоянное пользование скважиной. Фильтр самый уязвимый узел системы водоснабжения. Со временем он обрастает различными отложениями: ржавчиной, илом, солями кальция и другими. Нижняя же часть фильтра остается открытой. Внешнее давление, оказываемое грунтовыми водами на боковые стенки и дно фильтра остается прежним. И если при незагрязненном фильтре вода подается в ствол скважины как через стенки фильтра так и через его дно равномерно. То при его загрязнении основной поток поступает через дно. Это приводит к попаданию в ствол большого количества песка. К тому же сверху на дно скважины осаждаются различные частицы, размытые отложения. Все это в совокупности приводит к сокращению расстояния между дном и приемной частью насоса, снижению поступления воды через увеличенную толщину донных отложений и зауженныхх щелей фильтра.

Использование вибрационных насосов с верхним забором воды, которые погружают на небольшую глубину (до 10м), что не позволяет выкачивать воду из глубины скважины. Также к заиливанию приводит использование наиболее распространенных вибрационных насосов с нижним забором. В результате их работы и в наличии вибрации разрушаются примыкающие к трубе части ствола, что приводит к осаждению большого количества грунта.

Ошибки при сооружении скважин, когда не достигнут водяной слой.